Mai 2007 : Disparition en mer
Dans la soirée du 28 mai, le Pourquoi Pas ?, alors à 55 kilomètres à l'ouest de l'île de Sein, signale au CROSS Corsen la disparition d'un officier marinier, le maître principal Jean-François Cagnon, vraisemblablement tombé à la mer. Des recherches sont entreprises malgré des conditions météorologiques mauvaises (vents de 60 km/h, creux de 4 mètres), mais resteront infructueuses. Une cérémonie funèbre a lieu le 4 juin 2007 au mémorial des Péris en Mer à la Pointe Saint-Mathieu (commune de Plougonvelin), à la mémoire du disparu. Cette cérémonie est présidée par l'amiral Alain Oudot de Dainville, chef d'état-major de la Marine, en présence du vice-amiral d'escadre Xavier Rolin, commandant de la région maritime Atlantique-Manche-mer du Nord.

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Octobre 2006 : Un défaut de conception génant
Alors qu'une mission au profit de l'IFREMER était prévue du 14 octobre au 3 novembre, le navire est encore bloqué au port de commerce de Brest pour corriger un défaut important : Le sondeur multifaisceaux grands fonds ne fonctionne pas de manière optimale. Cet équipement est installé dans la « gondole » en forme de T fixée sous la coque. En fait l'étrave du Pourquoi-Pas ? fait trop de bulles. Ces turbulences affectent la précision des mesures du sondeur multifaisceaux grands fonds. Deux solutions seraient à l'étude pour remédier à la situation. Soit un déplacement vers le bas de la « gondole » abritant les équipements de mesure, soit le remplacement de l'étrave du Pourquoi-Pas ?, ce qui supposerait un arrêt technique de plusieurs mois. Du côté de l'armement Genavir, qui fournit l'équipage du Pourquoi-Pas ?, l'ambiance n'est pas au beau fixe. Le bâtiment navigant moins que prévu, du personnel en contrat à durée déterminée ne sera pas repris.