Jusqu'en 1962, il est affecté à Toulon, à la 1ère escadrille de sous-marins. Il quitte Toulon en juin 1962, pour Lorient, où il est basé jusqu'en avril 1969 (affecté à la 2e ESM). C'est d'ailleurs à la base sous-marine de Lorient-Kéroman que d'avril 1967 à décembre 1968, le Morse subira une grande refonte, au cours de laquelle les Diesel Schneider, qui ne donnaient pas satisfaction, sont débarqués et remplacés par un système de propulsion diesel-électrique. Le 28 avril 1969, il quitte Lorient pour retrouver Toulon et la 1ère ESM. En Méditerranée, son activité sera essentiellement consacrée à des expérimentations sous-marines. Il est de retour à Lorient en avril 1972, et y restera jusqu'à la fin de sa carrière. Le Morse aura connu deux accidents mineurs au cours de sa carrière :
Le Morse aura connu également un matelot des plus assidu, en la personne du chien mascotte Pic-Pic ! Offert lors du lancement, par les petites mains d'une filature du Trait, il ne va pas quitter le bord jusqu'en 1967. Il faut savoir qu'à l'époque, à bord des sous-marins, l'équipage embarquait souvent un chien, dont un des rôles était la détection des émanations de CO2, un gaz plus lourd que l'air. Dès qu'il commençait à geindre, c'était le signe d'une augmentation de la teneur en CO2. Pic-Pic, à bord du Morse réagissait à moins de 1%. Il fonçait alors au pied de l'échelle du kiosque et demandait, en aboyant, à sortir. L'histoire raconte aussi qu'il faisait des crocs en jambe au commandant au poste de combat... Le 19 décembre 1986 le pavillon national est replié définitivement à bord du Morse. Condamné le 23 juillet 1990 à Lorient (n° Q672), il vendu pour démolition aux enchères le 19 février 1991, et démoli à Naples en mars 1991.
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Seul
de la série des sous-marins d'escadre type 